「ペルソナ2 罰」で完結したこれまでのシリーズから世界設定と登場人物、システムを一新し、新たな物語が描かれている。

前作までは一度作ったペルソナは成長させるだけだったが、本作ではペルソナ同士を合体させることで新たなペルソナを作る事が可能になった。「真・女神転生III」にあったスキルの継承やスキルチェンジなどの要素も導入し、ペルソナの育成がさらに奥の深いものになっている。戦闘は「真・女神転生III」のプレスターンバトルをアレンジして搭載したり、ベルベットルームにペルソナ全書（真IIIの悪魔全書に相当）が搭載されていたりとメガテンシリーズで好評だった要素が導入されている。


システムの変更点
ペルソナ
ペルソナ2でなくなった合体が復活した。ただし異聞録のスペルカード合体とは違い、ペルソナ同士を合体させるものであり、「真・女神転生III」の合体システムに近い。異聞録・ペルソナ2では熟練度によってペルソナが成長していたが、今作ではパーティキャラと同様、ペルソナも戦闘で経験値を獲得しレベルアップする。ペルソナ合体後、まれに「受胎」と呼ばれる現象が発生することがあり、習得スキルを全て覚えた際（既に覚えていた場合は次回レベルアップ時）に特定アイテム（アクセサリがほとんど）を入手できる。
これまでのシリーズのペルソナ使いは、複数のペルソナを付け替えることができたが、今作ではペルソナの交換は主人公のみが有する特殊能力となっている。主人公だけが複数のペルソナを所持・行使し、その他のペルソナ使いは専用ペルソナしか行使できない。そのため、敵の属性に合わせて、パーティー編成をするという戦略も求められている。主人公が所持するペルソナの組み合わせによっては、特殊スキル「ミックスレイド」を発動させることもできる。
戦闘
前作までの敵は「悪魔」と呼ばれる存在だったが、今作では「シャドウ」と呼ばれる怪物になっている。戦闘で攻撃対象をダウンさせると連続で行動できるようになる。ダウンさせるには敵の弱点を突く攻撃をするか、物理攻撃でクリティカルを出せばよい。ただしダウンしているキャラクターを攻撃すると起き上がってしまう。このため敵味方ともに弱点が戦闘の重要な鍵となっている。敵全員をダウンさせると総攻撃を仕掛けることができ、敵全体に無条件で大ダメージを与えることができる。ただし条件によってはできない場合もある。シャドウがプレイヤー側に総攻撃を仕掛けてくることはない。前作までと違い、今作では主人公が瀕死になるとその時点でゲームオーバーとなる。
前作まであった交渉システムは本作ではなくなり、代わりにシャッフルタイムが設けられた。戦闘終了後にシャッフルタイムが発生すると、画面に表示されたカードの中から一枚を引くことができる。ペルソナのカードであればそれを入手できる。ワンド（棍棒）のカードは経験値増加あるいはペルソナの能力値上昇、カップ（杯）はHP回復、ソード（剣）は武器入手、ペンタクル（金貨）はお金入手（今作では敵を倒しただけではお金は入手できない）、などとなっている。
ダンジョン
今作に登場するダンジョンは（小規模なものを除けば）「タルタロス」と呼ばれる巨大な塔のみである。タルタロスは入る度に構造が変わるランダム生成ダンジョンとなっている。内部は幾つかのエリアに分かれており、途中で階段が封鎖されていて進めなくなるが、日付の経過によって封鎖が解かれるという仕組みになっている。
日付
今作では日付の概念が取り入れられた。平日は通学し、放課後や休日の昼間は街を自由に移動することができる。これにより日常生活がリアルに表されている。そのため一日の間にいろんな行動をとることが出来ず、通常のRPGのようにダンジョン（タルタロス）と街を自由に行き来することは出来ない。放課後・昼間・夜は店に行ったり後述のコミュ育成を行うことができ、影時間（ストーリーの項を参照）にはタルタロスに行くことができる。大型シャドウとの戦闘や学校行事など、主要イベントの発生日は固定されている。
コミュ育成
学校や街の人々と仲良くなると「コミュ」と呼ばれる絆を結ぶことができる。コミュはアルカナごとに分かれており、コミュに入っていると、そのアルカナに属するペルソナを作成した際に、ボーナスとして経験値を追加することができる。相手と共に過ごす、または適切な言動をすることによってコミュランクが上がりやすくなっている。ランクが上がるほど、合体時に追加される経験値は増加し、最高ランクに達すると、そのコミュが属するアルカナの最高位ペルソナが作成できるようになる。コミュ育成は一部の例外を除いて平日の放課後や休日の昼間などに行われる。なお、コミュとはコミュニティの略称であり、ゲーム内ではこの略称で表記される事がほとんどである。
パーティーメンバー
本作ではキャラクターの能力値はレベル・HP・SPぐらいである。力・耐力・運などといった能力値はキャラクター自身には存在しない。装備品などによる能力値上昇を除けば、装着しているペルソナの値がそのまま反映される。ただし主人公には学力・魅力・勇気というステータスがあり、それらを鍛えることでコミュ育成や学校・街での行動が有利になる。
本作では主人公以外のキャラクターは戦闘で直接操作することはできず、間接的な指示を与えるのみである。学校や街にはついてこず、ステータスの確認や装備変更は影時間などに限られる。

ストーリー
2009年4月。10年前に両親を事故で亡くし、親戚に育てられた主人公は、家庭の事情で小中高一貫校「私立月光館学園」の高等部に編入することとなった。しかし、学生寮に入寮して間もなく、彼は異形の怪物・シャドウに襲われ、秘められていたペルソナ能力を覚醒させてしまう。それがきっかけで、主人公は隠された世界の真実の一端を知らされることになる。

影時間。一日と一日の狭間に存在している隠された時間。シャドウとはその影時間の住人である。影時間が訪れると、普通の人々は人の姿を保てず棺の形をしたオブジェと化し、その間の記憶を失ってしまう（これを「象徴化」と呼ぶ）。それゆえ影時間はほとんどの人々に認識されていないのだ。まれに象徴化しない者もいるが、そうした人々はシャドウに精神を喰われ、無気力状態（影人間）にされてしまう。

月光館学園理事長・幾月修司の下、ペルソナ使いによって結成されたシャドウ討伐部隊「特別課外活動部」。期せずして特殊なペルソナ能力を得た主人公は、部長の桐条美鶴に見込まれ、特別課外活動部の一員として人に害をなすシャドウと戦っていくことになる。

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